以為自己萬能 李遠哲是總統背後靈？
民進黨在去年九合一選戰中大敗，導致總統蔡英文陷入領導危機，就算蔡英文已經為敗選辭去黨主席，但中研院前院長李遠哲、總統府前資政彭明敏、長老教會高俊明牧師、總統府資政吳澧培今仍發表公開信，「誠懇呼籲蔡總統不要競選2020年連任」。
李登輝：李遠哲到處點到為止
其實李遠哲對時事公開表達意見早就不是新鮮事，前總統李登輝在《執政告白實錄》 對李遠哲的批評，就能說明一切。李登輝說：「這個人，以為自己是萬能的，教改要管，921重建他在行，兩岸問題希望插一手，到處點到為止，卻從來不願意腳踏實地做最基本的苦工，這會變成是在搞造神運動，無法真為國家做事。」
教改 主張「廣設大學」挨批
李遠哲在1986年成為首位獲諾貝爾化學獎的華人，並在1994年放棄美國籍，回台擔任中央研究院長。但這位化學家卻在1994年受連戰內閣之邀，擔任行政院教育改革審議委員會（教改會）召集人，因此後來各界在檢討教改失敗時，常會歸咎李遠哲所主持的教改會提出的「廣設大學」主張。
李登輝更直指，李遠哲引進執行教改的教育部前部長吳京，是想以非師範體系人進行改革，但是並不成功。不過李遠哲日後在個人傳記《李遠哲傳》中反駁，因當時李登輝只聽取吳京的意見，未採納教改委員會的建議，才會導致教改走向失敗。
挺扁 爆「海角7億」也不後悔
2000年總統大選，當時還在擔任中研院長的李遠哲公開發表「向上提升或向下沉淪」，力挺民進黨總統候選人陳水扁，並組國政顧問團支持陳水扁，被認為是綠營獲勝主因之一，但也因學術不中立遭非議。
不過陳水扁執政四年成績並不理想，連任之路受到挑戰，李遠哲在2004年李遠哲仍支持陳水扁，強調台灣要繼續改革，一定要向上提升，不能往下沉淪，結果陳水扁家族爆發「海角7億」弊案。當時李遠哲在立法院被立委問他要不要對挺扁的結果負責？李回答「大家都應負責」，李遠哲更宣稱他「不後悔」挺扁。
宇昌案 替蔡英文人格背書
2012年總統大選期間爆發宇昌案，民進黨總統候選人蔡英文被捲入其中。李遠哲及學術界人士連署聲明，強調生技本無色，但選舉政治卻正在踐踏生技幼苗，宇昌是個很好的生技成功模範，卻難逃政治抹黑。聲明中也替蔡英文的人格背書，強調蔡英文值得信賴，應該還給蔡英文公道，別讓抹黑決定台灣的未來。
撇清拔管「難道我是黑道大哥嗎？」
2018年發生台大遴選校長爭議，候選人之一中研院副院長周美吟，被影射為前中研院長李遠哲的愛徒，進而有人認為這次遴選是「中研院派」和「台大派」之爭，但李遠哲否認，強調他跟周美吟沒有關係，「難道我是黑道大哥嗎？」
不過在爆發拔管爭議時，李遠哲卻說，看台大近十年的運作，台大的進步很少，他是很失望的。同時他也提到，台大沒有能力找到一流的校長，像是他在清華大學首次校長遴選時擔任召集人，後來選的是國外很有名的教授來當校長，台大無法做到，該好好檢討。
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